Sora y sus amigos arriban por fin a la sede de la Organización XIII con el objetivo de rescatar a Kairi. Sin embargo, ella ya ha logrado escapar de su celda gracias a la ayuda de Riku, quien ha cambiado tanto físicamente que resulta casi irreconocible. Por lo tanto, se dirigen a reunirse con su amigo. Mientras tanto, Mickey y Ansem the Wise hacen todo lo posible por frenar el avance de Kingdom Hearts.
Esta serie de manga Shonen está basada en el renombrado videojuego de Square Enix y se desarrolla en un mundo donde se entrelazan personajes del universo Disney con los de Final Fantasy.
