Una estatua de la Virgen María derrama lágrimas de sangre. Una niña se recupera de una grave enfermedad y la noticia de un posible milagro se difunde por toda la ciudad de Nueva York. Miles de devotos viajan a la iglesia de San Estanislao, ubicada en el barrio de Queens, atraídos por la posibilidad de que Helen Stephenson, una mujer que vivió allí en el pasado, sea considerada santa.
Debido a la presión ejercida por los medios de comunicación, los fieles y el Vaticano, el cardenal asigna al sacerdote Frank Moore la tarea de investigar el proceso. Sin embargo, Moore se ve afectado por los misteriosos sucesos que presencia y por la personalidad de Roxanna, una joven vinculada a la historia de la presunta santa, lo que hace que pierda su objetividad y cuestione su propia fe.
El tercer milagro, llevado al cine por Francis Ford Coppola, relata con intensidad el conflicto entre el dogma católico y la estructura de la iglesia local, la tensión entre espiritualidad y sensualidad, y plantea la gran incógnita: ¿son los milagros una realidad o los creamos como un consuelo frente al miedo?
