Una extraña tormenta aparta a Sora de sus amigos Riku y Kairi y lo traslada a un mundo desconocido, donde conoce al Capitán Goofy y al mago Donald. Este último está inmerso en un viaje peligroso para encontrar a su rey, Mickey, y devolverlo a su legítimo lugar en el trono del castillo de Disney.
Al descubrir que comparten un enemigo común, Goofy, Donald y Sora deciden unir fuerzas con el objetivo de rescatar a los amigos de Sora, al Rey Mickey y, de paso, salvar al mundo.
