Con el guión de uno de los autores del juego desarrollado por Bioware y LucasArts, esta historia sigue a Theron Shan, un espía de élite de la República, en una misión destinada a descubrir oscuros secretos que podrían romper el frágil tratado de paz con el Imperio Sith.
Theron debe trabajar junto al Maestro Jedi Zho, su antiguo mentor, quien después de estar perdido durante mucho tiempo en territorio Sith, ha regresado a la República con una actitud aún más extraña que antes. Zho es el único capaz de guiar a Theron a través del espacio Sith para cumplir con su misión.
Además de cuidar de Zho, Theron también debe proteger a una ladrona en apuros y evitar que la mujer que acompaña al viejo Jedi regrese a la República. Esta historia, Los soles perdidos, está escrita por Alexander Freed, uno de los escritores detrás del juego MMOG del mismo nombre.
La trama se desarrolla al mismo tiempo que los eventos del juego, lo que la hace especialmente relevante para los seguidores de la saga.
